唐朝开元二十四年(736年)，置屯门镇，镇治设在今天的南头古城内;唐至德二年(757年)，沿用426年的宝安县易名“东莞县”，县治从南头迁至今东莞市境内，南头古城由行政中心转为海上交通门户和军事要塞。

　　明朝洪武二十七年(1394年)，中央政府在南头地区设东莞守御千户所城(即今天的南头古城);明朝万历元年(1573年)，从原东莞县分出民户7608户，男女共33971口，官、民、灶、僧等田地、山塘共2911顷多，立新安县(辖今深圳、香港)。

　　清顺治—康熙年间，清政府为防止郑成功反清，禁止沿海居民接应而下令“禁海”和“迁界”，新安县被撤销。直至清康熙八年(1669年)，复置新安县，治所在今南头古城。

　　1949年10月，宝安县解放后，宝安县人民政府所在地设于南头古城。

　　修复中的南头古城再现历史沧桑

　　一般来说，宝安县作为深圳本土城市历史的开端，从东晋咸和六年(公元331年)算起，但事实上，在此之前，这里已经形成城市的模样。考古发现东晋时期的护城濠遗迹，可以追溯到公元265年，也就是说，至少在东官郡成立前六年，城郭已然建成。

　　据《新安县志》记载及考证，现存的南头古城始建于明洪武二十七年(1394年)，相当于在原来东晋时代的城址上重建。南头古城呈不规则的长方形，枕山面海，四周原有濠沟围绕，城垣范围东西最长为680米，南北最宽处为500米。

　　南头古城内六纵一横的道路网与自然地势完美结合，辟有县前街、显宁街、永盈街、聚秀街、和阳街、迎恩街、五通街、牌楼街、新街等9条街道，故乡民俗称南头古城为“九街”。目前在修复中的南头古城包括牌楼、南城门、县衙、新安监狱、海防公署、东莞会馆、关帝庙、文天祥祠、鸦片烟馆、接官厅、聚秀楼、义利押当铺、陶米公钱庄等十余处旧址。

　　南城门的城基原来由黄泥砂土堆筑。南门底宽10米，高4米半。旧城楼已毁，恢复重建的拱形城门上有一块长方形石块，上用小篆阴刻“宁南”二字。关圣帝庙显现了岭南人对于武财神关公的传统崇拜。陶米公钱庄、新安烟馆、义利押当铺等建筑物，再现了清代古城的典型特征。

　　东莞会馆始建于清同治七年(1868年)、重修于光绪三十三年(1907年)，当年是在此做生意的东莞籍商人的聚会场所。紧挨着新安县衙的是坐落在中山东街的报德祠，这是一座保存较为完好的清代祀庙。